Q: Кто-нибудь знает все возможные ключи setup Windows 9x?Хотелось бы узнать именно всё, что есть - на будущее.

A:

/nd - заставляет игнорировать наличие файла Migration.dll и может использоваться для того, чтобы заставить Windows 98 перезаписывать новые версии файлов более старыми. Однако файлы, которые в сведениях для установки (в файлах с расширением inf) имеют флаг ,,,32, перезаписаны более старыми версиями не будут.
/nf - подавляет запрос об удалении дискеты после создания диска аварийной загрузки. Используется в случае установки с загрузочного компакт-диска. Такой же эффект дают: наличие в каталоге с установочными файлами файла с именем BOOTCD, наличие строки BootCD=1 в файле Msbatch.inf.

Q: При загрузке WIN 98 в самый последний момент настойчиво предлагают удаленно соединиться. В автозагрузке ничего нет. Как убрать?
A: Попробуй поискать в Установке\Удалении программ Windows Critical Update Notification - чаще это она пытается звонить - ее надо удалить.
Проверь ключи RUN в реестре:
HKEY_LOCAL_MACHINE \Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run,
HKEY_LOCAL_MACHINE \Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunOnce,
HKEY_LOCAL_MACHINE \Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunServices
HKEY_LOCAL_MACHINE \Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunServicesOnce,
строки в файле WIN.INI:
[windows]
load=
run=
файл Winstart.bat (естественно, и автоэкзек с конфигом и папку автозагрузки) - здесь могут быть команды на запуск программ и вирусов. В файле SYSTEM.INI, в строках [386Enh] тоже иногда прописывают себя вирусы в качестве драйверов.